1、事業(yè)單位會計(jì)科目設(shè)置有許多基金科目，如固定基金、事業(yè)基金、專用基金、周轉(zhuǎn)金等，而企業(yè)會計(jì)制度沒有。
  2、事業(yè)單位會計(jì)分類與企業(yè)不同，事業(yè)單位支出類分為事業(yè)支出、經(jīng)營支出、對所屬單位補(bǔ)助支出、上繳上級支出和其他支出；成本類分為科研成本、技術(shù)成本、其他業(yè)務(wù)成本、生產(chǎn)經(jīng)營成本；收入也是財(cái)政補(bǔ)助收入、上級補(bǔ)助收入、事業(yè)收入、經(jīng)營收入、附屬單位上繳收入、其他收入等；而企業(yè)單位總稱主營業(yè)務(wù)收入、其他業(yè)務(wù)收入，成本總稱為主營業(yè)務(wù)成本和其他業(yè)務(wù)成本，以及制造費(fèi)用、生產(chǎn)成本等，沒有事業(yè)單位那么復(fù)雜。
  3、事業(yè)單位有些會計(jì)核算與企業(yè)不同，如，專項(xiàng)撥款，都在該項(xiàng)目下進(jìn)行收入與支出的核算，只有等項(xiàng)目完成后才上交或結(jié)轉(zhuǎn)權(quán)益類賬戶；而企業(yè)完全是成本核算方法，收支兩條線界定清晰。
  4、事業(yè)單位與企業(yè)雖同是借貸記賬法，但記賬方法有所不同，有些項(xiàng)目需要同時(shí)記錄基金增加，如固定資產(chǎn)購買分錄：
  借：科研成本
  貸：銀行存款
  同時(shí)，借：固定資產(chǎn)
  貸：固定基金
  5、事業(yè)單位與企業(yè)會計(jì)思路的區(qū)別，如，所有者權(quán)益，事業(yè)單位稱為凈資產(chǎn)，主要有固定資產(chǎn)基金、周轉(zhuǎn)金、事業(yè)基金（一般基金和投資基金）、專用基金；企業(yè)權(quán)益類是實(shí)收資本、資本公積、盈余公積、未分配利潤等。

  目前我國事業(yè)單位仍執(zhí)行《事業(yè)單位會計(jì)制度》（97版），但許多事業(yè)單位，尤其是經(jīng)營型事業(yè)單位在上報(bào)事業(yè)單位會計(jì)報(bào)表的同時(shí)，也上報(bào)企業(yè)