聯(lián)次不同：
增值稅專用發(fā)票有四聯(lián)：第一聯(lián)為存根聯(lián)(用于留存?zhèn)洳?，第二聯(lián)為發(fā)票聯(lián)(用于購買方記賬)，第三聯(lián)為抵扣聯(lián)(用作購買方的扣稅憑證)，第四聯(lián)為記賬聯(lián)(用于銷售方記賬)
增值稅普通發(fā)票有三聯(lián)：第一聯(lián)為存根聯(lián)，第二聯(lián)為發(fā)票聯(lián)，第三聯(lián)為記賬聯(lián)。
印制要求不同：
根據(jù)新的《稅收征管法》第二十二條規(guī)定："增值稅專用發(fā)票由國務院稅務主管部門指定的企業(yè)印制；其他發(fā)票，按照國務院主管部門的規(guī)定，分別由省、自治區(qū)、直轄市國家稅務局、地方稅務局指定企業(yè)印制。未經(jīng)前款規(guī)定的稅務機關(guān)指定，不得印制發(fā)票.
發(fā)票使用人不同：
增值稅專用發(fā)票一般只能由增值稅一般納稅人領(lǐng)購使用，小規(guī)模納稅人需要使用的，只能經(jīng)稅務機關(guān)批準后由當?shù)氐亩悇諜C關(guān)代開：普通發(fā)票則可以由從事經(jīng)營活動并辦理了稅務登記的各種納稅人領(lǐng)購使用，未辦理稅務登記的納稅人也可以向稅務機關(guān)申請領(lǐng)購使用普通發(fā)票。 
內(nèi)容不同：
增值稅專用發(fā)票除了具備購買單位、銷售單位、商品或者服務的名稱、商品或者勞務的數(shù)量和計量單位、單價和價款、開票單位、收款人、開票日期等普通發(fā)票所具備的內(nèi)容外，還包括納稅人稅務登記號、不含增值稅金額、適用稅率、應納增值稅額等內(nèi)容；普通發(fā)票中則沒有關(guān)于增值稅方面的內(nèi)容。
5
作用不同：
增值稅專用發(fā)票可以抵扣進項稅
增值稅普通發(fā)票不可以抵扣進項稅