依據(jù)審計法及其實(shí)施條例的相關(guān)規(guī)定，每一個審計項目結(jié)束后，審計機(jī)關(guān)要向被審計單位出具審計報告，并針對發(fā)現(xiàn)的問題區(qū)分情況、進(jìn)行處理。對于審計查出的違法違紀(jì)違規(guī)問題，屬于審計職權(quán)范圍的，審計機(jī)關(guān)直接下達(dá)審計決定，提出處理處罰意見，并在規(guī)定的時間內(nèi)對整改情況進(jìn)行檢查和督導(dǎo)；不屬于審計職權(quán)范圍的，審計機(jī)關(guān)出具移送處理書，移送其他部門進(jìn)行處理處罰，接受移送的部門應(yīng)將處理結(jié)果及時函復(fù)審計機(jī)關(guān)。

對于審計發(fā)現(xiàn)的管理不規(guī)范、體制機(jī)制制度方面的問題，審計機(jī)關(guān)會提出具體的審計建議，提請有關(guān)主管部門或被審計單位研究采取措施，促進(jìn)完善制度、加強(qiáng)管理和深化改革。近年來，審計機(jī)關(guān)主要采取以下措施督促整改：

-堅持邊審計邊督促整改。在審計過程中，根據(jù)審計發(fā)現(xiàn)的情況和問題及時向被審計單位提出整改規(guī)范的建議，促進(jìn)被審計單位邊審邊改。

-建立健全整改跟蹤檢查機(jī)制。根據(jù)被審計單位和事項的具體情況，要求其在法定期限內(nèi)落實(shí)審計報告要求、執(zhí)行審計決定，同時認(rèn)真開展審計回訪和整改跟蹤工作，并注重與財政、稅務(wù)、工商、紀(jì)檢監(jiān)察、公安、人事等多部門加強(qiáng)協(xié)作，形成整改合力。

-實(shí)行整改情況公告制度，將審計結(jié)果與整改情況一并公告，通過信息公開促進(jìn)加強(qiáng)整改。審計署自2003年開始發(fā)布審計結(jié)果公告以來，在公告每項審計結(jié)果的同時，都對已經(jīng)整改情況予以反映。從2006年起，對每年向全國人大常委會報告的年度中央預(yù)算執(zhí)行和其他財政收支審計工作報告反映問題的整改情況，都在報全國人大常委會審議后，向社會公告。地方各級審計機(jī)關(guān)也大都實(shí)行了這兩個方面的公告。