除了內(nèi)資獨立核算分公司，其它分公司的企業(yè)所得稅都由總機構(gòu)或核算地匯總繳納。匯總繳納企業(yè)所得稅的好處是，總、分支機構(gòu)盈虧互抵后可以減少當(dāng)期所得稅支出，從而減少現(xiàn)金流出。內(nèi)資企業(yè)獨立核算的分公司，在分公司所在地繳納企業(yè)所得稅，企業(yè)所得稅匯算清繳也同其它獨立納稅人一樣，經(jīng)國家稅務(wù)總局批準(zhǔn)，還可以由總機構(gòu)匯總繳納企業(yè)所得稅。本文主要介紹匯總繳納企業(yè)所得稅的分支機構(gòu)如何處理企業(yè)所得稅匯算清繳有關(guān)問題。 
  一、內(nèi)資非獨立核算分公司所得稅匯算清繳 
  根據(jù)《企業(yè)所得稅暫行條例實施細(xì)則》的規(guī)定，不能同時具備下列條件的分公司，為非獨立核算分公司： 
  1）在銀行開設(shè)結(jié)算賬戶； 
  2）獨立建立賬簿、編制財務(wù)會計報表； 
  3）獨立計算盈虧等。非獨立核算分公司所有的收益和成本，都計入總公司（或核算地）帳目。這種情況下，核算地統(tǒng)一計算盈虧，按規(guī)定預(yù)繳所得稅，年終的企業(yè)所得稅匯算清繳thldl.org.cn，也不需要審批。也就是說，非獨立核算分公司不涉及到所得稅問題。 
  二、獨立核算分公司匯總納稅的企業(yè)所得稅匯算清繳 
  根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于規(guī)范匯總合并繳納企業(yè)所得稅范圍的通知》（國稅函[2006]48號）的規(guī)定，經(jīng)國家稅務(wù)總局審批，獨立核算的分公司可以由總公司匯總繳納企業(yè)所得稅，在這種情況下，根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于匯總(合并)納稅企業(yè)實行統(tǒng)一計算、分級管理、就地預(yù)交、集中清算所得稅問題的通知》（國稅發(fā)[2001]13號）的規(guī)定，總公司和分公司分別計算盈虧，年終由總公司集中清算，合并繳納企業(yè)所得稅。 
  獨立核算的分公司是一個獨立的所得稅納稅主體，只是匯總納稅時，納稅地點不同而已，并且可以盈虧互抵后納稅。 
  1.分支機構(gòu)就地預(yù)繳所得稅： 
  以總公司和符合獨立核算條件的各級分公司為就地預(yù)交所得稅的成員企業(yè)； 
  匯總納稅的銀行保險企業(yè)，以分行(分公司)、支行及相當(dāng)于支行一級的辦事處(分理處)，為就地預(yù)交所得稅的成員企業(yè)； 
  預(yù)繳所得稅比例： 
  1）成員企業(yè)就地預(yù)交企業(yè)所得稅的比例，一般為年度應(yīng)納所得稅額的60%。 
  2）在經(jīng)濟特區(qū)、上海浦東新區(qū)、以及本部地區(qū)屬于國家鼓勵的匯總納稅成員企業(yè)，可按年度應(yīng)納稅所得額的15%就地預(yù)交。 
  3）總機構(gòu)各成員企業(yè)盈虧相差懸殊，就地預(yù)交稅款與集中清算結(jié)果差額較大的，可由總機構(gòu)報國家稅務(wù)總局批準(zhǔn)后，對個別影響較大的成員企業(yè)就地預(yù)交的比例予以適當(dāng)調(diào)整。 
  2.虧損彌補： 
  分公司在總機構(gòu)集中清算年度發(fā)生的虧損，由總機構(gòu)在年度匯總清算時統(tǒng)一盈虧相抵，并按規(guī)定遞延抵補，各成員企業(yè)均不再用本企業(yè)以后年度的應(yīng)納稅所得額進行彌補虧損。 
  3.企業(yè)所得稅匯算清繳： 
  根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于進一步加強匯總納稅企業(yè)所得稅管理的通知》（國稅發(fā)[2000]185號）、《國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)《企業(yè)所得稅匯算清繳管理辦法》的通知》（國稅發(fā)[2005]200號）規(guī)定，分公司應(yīng)在年度終了后45日內(nèi)完成年度納稅申報，分公司向匯繳企業(yè)報送的資料，必須先經(jīng)分公司的主管稅務(wù)機關(guān)審核。分公司未經(jīng)當(dāng)?shù)囟悇?wù)機關(guān)簽字蓋章的納稅申報，匯繳企業(yè)所在地稅務(wù)機關(guān)不予受理。 
  分公司若未在規(guī)定時間內(nèi)辦理納稅申報，所在地稅務(wù)機關(guān)應(yīng)就地對其征收企業(yè)所得稅。匯繳企業(yè)在年度終了后4個月內(nèi)（經(jīng)營人壽保險業(yè)務(wù)的保險企業(yè)，申報時間可延遲至年度終了后6個月內(nèi)），向所在地主管稅務(wù)機關(guān)報送下列資料，集中清算： 
  1）匯總總、分公司的《企業(yè)所得稅年度納稅申報表》； 
  2）總公司及各分公司的《企業(yè)所得稅年度納稅申報表》； 
  3）企業(yè)會計報表（資產(chǎn)負(fù)債表、利潤表、現(xiàn)金流量表及相關(guān)附表）、會計報表附注和財務(wù)情況說明書； 
  4）備案事項的相關(guān)資料； 
  5）主管稅務(wù)機關(guān)要求報送的其它資料。 
  采用電子方式辦理納稅申報的，應(yīng)附報紙質(zhì)納稅申報資料。 
  統(tǒng)一計算的應(yīng)納所得稅額，小于合計預(yù)交的企業(yè)所得稅額的部分，由匯繳企業(yè)抵繳下一年度統(tǒng)一計算的應(yīng)繳企業(yè)所得稅額。 
  4.分公司技術(shù)改造國產(chǎn)設(shè)備投資抵免企業(yè)所得稅的處理： 
  分公司技術(shù)改造國產(chǎn)設(shè)備投資可抵免的企業(yè)所得稅額，以分公司就地預(yù)交的企業(yè)所得稅按規(guī)定抵免。就地應(yīng)預(yù)交的企業(yè)所得稅不足抵免的部分，經(jīng)當(dāng)?shù)囟悇?wù)機關(guān)出具證明，由匯繳企業(yè)在集中清算企業(yè)所得稅時抵免。 
  5.分公司違法補繳所得稅的處理： 
  分公司所在地稅務(wù)機關(guān)對成員企業(yè)檢查，查出的以前年度違反稅收規(guī)定應(yīng)補繳的所得稅，按規(guī)定稅率就地全額補征入庫，不作為當(dāng)年或以前年度就地預(yù)交的稅款，不參與總機構(gòu)的匯繳清算。