出口退稅的操作流程主要包括以下步驟：

證件送驗(yàn)及登記表領(lǐng)取：在取得有關(guān)部門批準(zhǔn)其經(jīng)營出口產(chǎn)品業(yè)務(wù)的文件和工商行政管理部門核發(fā)的工商登記證明后，企業(yè)應(yīng)在30日內(nèi)辦理出口企業(yè)退稅登記。
退稅登記的申報(bào)和受理：企業(yè)領(lǐng)到“出口企業(yè)退稅登記表”后，按登記表及有關(guān)要求填寫，加蓋企業(yè)公章和有關(guān)人員印章后，連同出口產(chǎn)品經(jīng)營權(quán)批準(zhǔn)文件、工商登記證明等證明資料一起報(bào)送稅務(wù)機(jī)關(guān)。稅務(wù)機(jī)關(guān)經(jīng)審核無誤后，即受理登記。
填發(fā)出口退稅登記證：稅務(wù)機(jī)關(guān)接到企業(yè)的正式申請，經(jīng)審核無誤并按規(guī)定的程序批準(zhǔn)后，核發(fā)給企業(yè)“出口退稅登記”。
出口退稅登記的變更或注銷：當(dāng)企業(yè)經(jīng)營狀況發(fā)生變化或某些退稅政策發(fā)生變動(dòng)時(shí)，應(yīng)根據(jù)實(shí)際需要變更或注銷退稅登記。
在具體的出口業(yè)務(wù)中，出口退稅的操作還包括以下步驟：

聯(lián)系貨代和船公司：貨代據(jù)此聯(lián)系船公司，并給出報(bào)價(jià)（包括陸運(yùn)費(fèi)、海運(yùn)費(fèi)、訂艙費(fèi)、THC、文件費(fèi)、報(bào)關(guān)費(fèi)、EBS（出口東南亞）、電放費(fèi)、保險(xiǎn)等）。
提供出口貨物信息：將本次出口貨物編制托書加蓋公章傳給貨代，與貨代做好裝箱及出船時(shí)間的確認(rèn)，并將報(bào)關(guān)資料正本（裝箱單、形式發(fā)票、已備案的核銷單、報(bào)關(guān)單、報(bào)關(guān)委托書）寄給貨代。
裝箱與填單：在預(yù)定的時(shí)間裝箱，填裝箱單，并填出口商品專用發(fā)票（至國稅局領(lǐng)出口專用發(fā)票）。
征免申報(bào)：在出口退稅退免稅申報(bào)軟件上進(jìn)行數(shù)據(jù)錄入，并打印兩份征免申報(bào)單，一份給外匯局，一份給出口單位。
出口收匯：進(jìn)行電子口岸的出口收匯操作，并提交企業(yè)交單。
核銷申報(bào)：進(jìn)入出口收匯網(wǎng)上核銷系統(tǒng)進(jìn)行申報(bào)，并打印出出口收匯批次核銷信息登記表。然后到銀行辦理出口收匯核銷（提供收匯日期、核銷金額），再到外匯局辦核銷（提供核銷單、報(bào)關(guān)單、銀行蓋章的核銷單、出口收匯批次核銷信息登記表、電子口岸IC卡）。
另外，出口退稅的操作流程還包括在電子稅務(wù)局進(jìn)行以下操作：

進(jìn)項(xiàng)發(fā)票認(rèn)證。
導(dǎo)數(shù)據(jù)：登錄電子稅務(wù)局，進(jìn)入出口退稅管理，選擇申報(bào)退稅，進(jìn)行認(rèn)證和查詢，整理相符的發(fā)票，并導(dǎo)入到“出口退稅軟件”中。
根據(jù)報(bào)關(guān)單錄取進(jìn)項(xiàng)發(fā)票。
檢查數(shù)據(jù)一致性：確保進(jìn)貨出口數(shù)量關(guān)聯(lián)檢查，關(guān)聯(lián)數(shù)量與發(fā)票數(shù)量一致。
確認(rèn)申報(bào)明細(xì)：檢查無誤后，確認(rèn)申報(bào)明細(xì)。
匯總表錄入：無誤后直接導(dǎo)出。
數(shù)據(jù)自檢：通過后在電子稅務(wù)局進(jìn)行確認(rèn)申報(bào)。