北京市跨區(qū)施工企業(yè)**不一定需要辦理外管證**，預繳稅款通常在**機構(gòu)所在地進行預繳**。

對于是否需要辦理外管證的問題，如果建筑施工企業(yè)的注冊地與項目所在地在同一個直轄市內(nèi)但不同區(qū)，是否需要辦理外管證取決于注冊地主管國稅機關(guān)的規(guī)定。根據(jù)國家稅務(wù)總局的公告，納稅人可以申請辦理《外經(jīng)證》，并通過電子稅務(wù)局的相關(guān)流程進行報驗管理。因此，建議咨詢當?shù)氐亩悇?wù)機關(guān)以獲取確切的指導意見。

至于預繳稅款的處理，一般有兩種情況：收到預收款時在機構(gòu)所在地進行預繳，并在次月申報期前完成預繳工作。預繳稅款的具體計算方式依據(jù)是采用一般計稅方法還是簡易計稅方法而有所不同。一般計稅預征率為2%，而簡易計稅預征率為3%。賬務(wù)處理上，例如在預收房款的情況下，應(yīng)預繳增值稅按照相應(yīng)的適用稅率和預征率計算。

綜上所述，對于跨區(qū)施工的建筑企業(yè)來說，是否需辦理外管證以及如何處理預繳稅款，都需要根據(jù)具體情況和當?shù)囟悇?wù)規(guī)定來確定。