您好，我公司是這樣操作的，請參考，謝謝。 
收到款時分錄，借：銀行存款，貸；遞延收益。同時，借；專項收支-專項資金來源-XX項目-XX局，或者專項收支-專項資金來源-XX項目-自籌資金（如果有配套資金，否則無此分錄），貸；專項收支-XXX費用 （按預算科目設置明細，按項目和資金來源設置輔助核算），花的時候，可以做雙重分錄，除按公司核算分錄處理外，再借：專項收支-XXX 費用（按預算科目設置明細，按項目和資金來源設置輔助核算），貸：專項收支-專項資金來源-XX項目-XX局，或者專項收支-專項資金來源-XX項目-自籌資金（如果有配套資金，否則無此分錄）。等花完了，或者年底按專項收支科目發(fā)生額，借；遞延收益，貸；營業(yè)務收入-政府補助，或者其他收益-政府補助，或者沖減相關費用。