貨物運(yùn)輸合同的計(jì)稅依據(jù)為運(yùn)費(fèi)收入，不包括所運(yùn)貨物的金額、裝卸費(fèi)和保險(xiǎn)費(fèi)等。 
1、對(duì)國(guó)內(nèi)各種形式的貨物聯(lián)運(yùn)，凡在起運(yùn)地統(tǒng)一結(jié)算全程運(yùn)費(fèi)的，應(yīng)以全程運(yùn)費(fèi)為計(jì)稅依據(jù)，由起運(yùn)地運(yùn)費(fèi)結(jié)算雙方繳納印花稅;凡分程結(jié)算運(yùn)費(fèi)的，應(yīng)以分程的運(yùn)費(fèi)作為計(jì)稅依據(jù)，分別由辦理運(yùn)費(fèi)結(jié)算的各方繳納印花稅。釋義：比如國(guó)內(nèi)聯(lián)運(yùn)，從上海到天津，再?gòu)奶旖虻奖本?，如果是從起運(yùn)地上海統(tǒng)一結(jié)算運(yùn)費(fèi)，則起運(yùn)地結(jié)算雙方，也就是托運(yùn)方和上海的承運(yùn)人，對(duì)“上海到天津，再?gòu)奶旖虻奖本钡倪\(yùn)費(fèi)貼花。如果是上海到天津，天津到北京，分別計(jì)算運(yùn)費(fèi)，則貨主與上海承運(yùn)人，貨主與天津承運(yùn)人，分別對(duì)這兩段運(yùn)費(fèi)貼花。 
2、對(duì)國(guó)際貨運(yùn)，凡由我國(guó)運(yùn)輸企業(yè)運(yùn)輸?shù)?，運(yùn)輸企業(yè)所持的運(yùn)費(fèi)結(jié)算憑證，以本程運(yùn)費(fèi)為計(jì)稅依據(jù)計(jì)算應(yīng)納稅額;托運(yùn)方所持的運(yùn)費(fèi)結(jié)算憑證，以全程運(yùn)費(fèi)為計(jì)稅依據(jù)計(jì)算應(yīng)納稅額。由外國(guó)運(yùn)輸企業(yè)運(yùn)輸進(jìn)出口貨物的，運(yùn)輸企業(yè)所持的運(yùn)費(fèi)結(jié)算憑證免納印花稅，托運(yùn)方所持的運(yùn)費(fèi)結(jié)算憑證，應(yīng)以運(yùn)費(fèi)金額為計(jì)稅依據(jù)繳納印花稅。釋義：比如從成都運(yùn)輸?shù)酱筮B，再運(yùn)輸?shù)矫绹?guó)，成都的承運(yùn)人對(duì)成都到大連貼花，托運(yùn)人對(duì)全程貼花。如果是從美國(guó)運(yùn)輸?shù)酱筮B，托運(yùn)方貼花，國(guó)外提供運(yùn)輸?shù)钠髽I(yè)免稅。 
國(guó)際貨運(yùn)，如果由我國(guó)企業(yè)運(yùn)輸，我國(guó)企業(yè)按本程運(yùn)費(fèi)計(jì)算納稅。托運(yùn)方全程運(yùn)費(fèi)計(jì)算納稅。將貨物運(yùn)往境外，境內(nèi)的部分的運(yùn)費(fèi)40萬(wàn)，境外的部分30萬(wàn)，境內(nèi)運(yùn)輸企業(yè)就40萬(wàn)計(jì)算印花稅，境外部分的運(yùn)費(fèi)不繳納印花稅。 
托運(yùn)方按70萬(wàn)計(jì)算印花稅。如果由外國(guó)企業(yè)運(yùn)輸進(jìn)口貨物，外國(guó)企業(yè)一方免征印花稅。托運(yùn)方所持結(jié)算憑證繳納印花稅。還有一個(gè)特殊情況，就是國(guó)際貨運(yùn)運(yùn)費(fèi)結(jié)算憑證在國(guó)外辦理的，應(yīng)在憑證轉(zhuǎn)回我國(guó)境內(nèi)時(shí)繳納印花稅。