根據(jù)《企業(yè)所得稅法》規(guī)定，小規(guī)模納稅人的企業(yè)所得稅稅率為5%。根據(jù)50萬發(fā)票的金額，企業(yè)所得稅應(yīng)交納的金額為50萬元×5%=2.5萬元。 
拓展知識：企業(yè)所得稅法規(guī)定，小規(guī)模納稅人營業(yè)收入不超過300萬元的，稅率為5%；營業(yè)收入超過300萬元不超過500萬元的，稅率為10%；營業(yè)收入超過500萬元的，稅率為15%。