一、 支付范圍不同：  
財政直接支付主要用于工資的支付（國家公務員和事業(yè)單位有編制人員的工資）、工程采購支出、貨物和服務采購支出。
財政授權支付主要用于沒有納入直接支付的零星支出，比如行政單位采購辦公用品支出等。
二、使用的零余額賬戶不同： 
財政直接支付，需要預算單位向財政部門的國庫支付中心申請用款，支付中心向代理銀行簽發(fā)指令，代理銀行通過財政的零余額賬戶向收款人付款。財政的零余額賬戶只能用于轉賬不能提取現(xiàn)金。
財政的授權支付，只要在財政授權支付額度內，預算單位用款時自行向代理銀行簽發(fā)支付指令，代理銀行通過預算單位的零余額賬戶付款給收款人，預算單位的零余額賬戶不僅可以轉賬也可以提取現(xiàn)金。