第一、醫(yī)院不是用非盈利組織會計做賬的，是用《醫(yī)院會計制度》報表跟一般企業(yè)的報表不一樣的，具體名稱：《資產負債表》、《收入費用總表》、《醫(yī)院收入費用明細表》、《現金流量表》、《財政補助收支情況表》。 
第二，免稅不免稅，是要看具體規(guī)定的。稅管員說你沒有按照非營業(yè)組織記賬可能就看你報表是一般企業(yè)報表所以就知道你沒有按照適用的會計制度做賬。 

另外：如果你們是用《民間非營業(yè)組織會計制度》做賬的，也是有專門的報表名稱的，里面的科目也是有點跟平常的企業(yè)不一樣。
一、結轉會計分錄方法如下：
1、在期末將當期非限定性收入的實際發(fā)生額、當期費用的實際發(fā)生額和當期由限定性凈資產轉為非限定性凈資產的金額轉入非限定性凈資產。

2、非限定性凈資產處理如下：
  ● 期末，將各收入類科目所屬“非限定性收入”明細科目的余額轉入本科目，借記“捐贈收入、會費收入、提供服務收入、政府補助收入、商品銷售收入、投資收益入、其他收入轉入非限定性收入”科目，貸記本科目。
  ● 同時，將各費用類科目的余額轉入本科目，借記本科目，貸記“業(yè)務活動成本”、“管理費用”、“籌資費用”、“其他費用”科目。
  ● 如果限定性凈資產的限制已經解除，應當對凈資產進行重新分類，將限定性凈資產轉為非限定性凈資產，借記“限定性凈資產”科目，貸記本科目。
  ● 如果因調整以前期間收入、費用項目而涉及調整非限定性凈資產的，應當就需要調整的金額，借記或貸記有關科目，貸記或借記本科目。
  ● 本科目期末貸方余額，反映民間非營利組織歷年積存的非限定性凈資產。

2、限定性凈資產的主要賬務處理如下：

（一）期末，將各收入類科目所屬“限定性收入”明細科目的余額轉入本科目，借記“捐贈收入——限定性收入”、“政府補助收入——限定性收入”等科目，貸記本科目。
（二）如果限定性凈資產的限制已經解除，應當對凈資產進行重新分類，將限定性凈資產轉為非限定性凈資產，借記本科目，貸記“非限定性凈資產”科目。
如果資產提供者或者國家有關法律、行政法規(guī)要求民間非營利組織在特定時期之內或特定日期之后將限定性凈資產或者相關資產用于特定用途，該限定性凈資產應當在相應期間之內或相應日期之后按照實際使用的相關資產金額或者實際發(fā)生的相關費用金額轉為非限定性凈資產。
（三）如果因調整以前期間收入、費用項目而涉及調整限定性凈資產的，應當就需要調整的金額，借記或貸記有關科目，貸記或借記本科目。
（四）本科目期末貸方余額，反映民間非營利組織歷年積存的限定性凈資產。