（一）進一步完善財務管理制度
加強事業(yè)單位財務管理內(nèi)部控制的基礎與前提，主要是完善財務管理制度，只有進一步完善財務管理制度，才能夠保證事業(yè)單位財務管理活動的開展有制度可遵循。財務管理制度的建設貫穿于事業(yè)單位的整個管理過程，為了強化內(nèi)部控制，應當確保財務監(jiān)督、財務公開、財務預算、財務計劃、審批權(quán)限以及先進管理等一系列財務管理活動均有相應的制度進行規(guī)范;同時，事業(yè)單位還要根據(jù)自身的實際狀況，結(jié)合國家財政財經(jīng)法規(guī)制度，建立一個合理、完善的財務管理體系，將具體的責任落實到位，對責任進行細化，做到早發(fā)現(xiàn)、早解決，以此強化財務管理內(nèi)部控制。除此之外，事業(yè)單位在內(nèi)部應當建立一個科學合理的支出約束機制，按照規(guī)章制度辦事，重視各個部門在資金成本方面應用效益的提升。
（二）建立一個完善的財務管理內(nèi)部控制制度
經(jīng)費管理是事業(yè)單位財務管理工作中非常主要的一個環(huán)節(jié)，事業(yè)單位財務管理人員應當充分重視經(jīng)費開支的合理控制，建立一個完善的內(nèi)部控制制度，對財務管理起到約束作用。事業(yè)單位財務管理內(nèi)部控制制度的建立，主要包括以下幾個方面：
（1）建立票證、貨幣資金管理制度。安排專人保管現(xiàn)金，每日將現(xiàn)金賬結(jié)清，每月進行一次結(jié)算，保證資金與賬目相互符合，確?，F(xiàn)金余額處于庫存限額內(nèi);同時，還要安排專人對轉(zhuǎn)賬支票與現(xiàn)金支票進行保管，嚴格審查原始憑證。
（2）合理控制會計系統(tǒng)，實行會計制度。根據(jù)會計系統(tǒng)控制要求，對會計工作進行相應的設計，明確每一位在崗人員具備的職責，在此基礎上形成一個制衡機制。
（3）對崗位進行分工控制，合理分離不同的職務，只有對不同的職務進行合理的分離管理，才能夠保證事業(yè)單位內(nèi)部管理中的有序性，提高事業(yè)單位財務管理內(nèi)部控制的整體水平。
（4）充分重視事業(yè)單位內(nèi)部審計工作的開展，建立一個完善的事業(yè)單位內(nèi)部審計工作制度;同時，內(nèi)部審計部門應當對內(nèi)部控制制度監(jiān)督進行合理的評價，在此基礎上找尋內(nèi)部控制中發(fā)生的一些問題，提出合理的改進策略。
（三）重視外部審計、財政檢查以及內(nèi)部控制
強化事業(yè)單位財務管理內(nèi)部控制，首先應當對專門的內(nèi)部財務管理機構(gòu)進行設立，切實履行財務管理工作中的義務與職責，還要有機結(jié)合財政檢查外部設計與內(nèi)部控制，以此更加全面的管理事業(yè)單位財務，將審計、監(jiān)察的作用充分發(fā)揮出來，對財務管理程序進行嚴格的規(guī)范，明確財務管理的必要性