根據(jù)《土地增值稅清算管理規(guī)程》(國稅發(fā)[2009]91號)第二十七條審核利息支出時(shí)應(yīng)當(dāng)重點(diǎn)關(guān)注：

(一)是否將利息支出從房地產(chǎn)開發(fā)成本中調(diào)整至開發(fā)費(fèi)用。

(二)分期開發(fā)項(xiàng)目或者同時(shí)開發(fā)多個(gè)項(xiàng)目的，其取得的一般性貸款的利息支出，是否按照項(xiàng)目合理分?jǐn)偂?br/>
(三)利用閑置專項(xiàng)借款對外投資取得收益，其收益是否沖減利息支出。

《企業(yè)會計(jì)準(zhǔn)則第17號——借款費(fèi)用》第六條規(guī)定：(一)為購建或者生產(chǎn)符合資本化條件的資產(chǎn)而借入專門借款的，應(yīng)當(dāng)以專門借款當(dāng)期實(shí)際發(fā)生的利息費(fèi)用，減去將尚未動用的借款資金存入銀行取得的利息收入或進(jìn)行暫時(shí)性投資取得的投資收益后的金額確定。

因此，土地增值稅清算時(shí)扣除利息的利息支出應(yīng)為減去存款利息收入之后的余額。