丟失了增值稅專用發(fā)票后，首先應(yīng)分清丟失發(fā)票的責(zé)任，如是銷售方的責(zé)任，應(yīng)接受稅務(wù)機(jī)關(guān)作出的未按規(guī)定保管發(fā)票的處罰。

而如是購(gòu)買(mǎi)方的責(zé)任，需要求對(duì)方出具丟失發(fā)票的說(shuō)明或主管稅務(wù)機(jī)關(guān)對(duì)其未按規(guī)定保管發(fā)票行為的處罰證明，然后分下列情況處理: 

1、銷售方丟失增值稅專用發(fā)票 

(1)丟失空白未開(kāi)具的增值稅專用發(fā)票的，首先按規(guī)定程序向銷售方當(dāng)?shù)刂鞴芏悇?wù)機(jī)關(guān)、公安機(jī)關(guān)報(bào)失，接受稅務(wù)機(jī)關(guān)處罰;其次，由主管稅務(wù)機(jī)關(guān)代收取“掛失登報(bào)費(fèi)”，并將丟失專用發(fā)票的納稅人名稱、發(fā)票份數(shù)、字軌號(hào)碼、蓋章與否等情況，統(tǒng)一傳(寄)中國(guó)稅務(wù)報(bào)社等稅務(wù)報(bào)刊雜志上刊登“遺失聲明”。 

(2)銷售方丟失已開(kāi)具專用發(fā)票的發(fā)票聯(lián)和抵扣聯(lián)的，待申報(bào)、報(bào)稅后向主管稅務(wù)機(jī)關(guān)申請(qǐng)出具《丟失增值稅專用發(fā)票已報(bào)稅證明單》，并把該證明和丟失發(fā)票的記賬聯(lián)復(fù)印件交購(gòu)買(mǎi)方抵扣。

(3)銷售方丟失已開(kāi)具專用發(fā)票的抵扣聯(lián)、發(fā)票聯(lián)其中一聯(lián)(兩聯(lián)沒(méi)有全部丟失)的:可讓購(gòu)買(mǎi)方使用未丟的聯(lián)次到主管稅務(wù)機(jī)關(guān)認(rèn)證和記賬，復(fù)印件留存?zhèn)洳椤?br/>
2、購(gòu)貨方丟失增值稅專用發(fā)票 

(1)如果丟失前已認(rèn)證相符的，購(gòu)買(mǎi)方憑銷售方提供的相應(yīng)專用發(fā)票記賬聯(lián)復(fù)印件及銷售方所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)出具的《丟失增值稅專用發(fā)票已報(bào)稅證明單》，經(jīng)購(gòu)買(mǎi)方主管稅務(wù)機(jī)關(guān)審核同意后，可作為增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額的抵扣憑證。 

(2)如果丟失前未認(rèn)證的，購(gòu)買(mǎi)方憑銷售方提供的相應(yīng)專用發(fā)票記賬聯(lián)復(fù)印件到主管稅務(wù)機(jī)關(guān)進(jìn)行認(rèn)證，認(rèn)證相符的憑該專用發(fā)票記賬聯(lián)復(fù)印件及銷售方所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)出具的《丟失增值稅專用發(fā)票已報(bào)稅證明單》，經(jīng)購(gòu)買(mǎi)方主管稅務(wù)機(jī)關(guān)審核同意后，可作為增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額的抵扣憑證。