納稅人將已經(jīng)填開的增值稅專用發(fā)票丟失，應(yīng)主要依據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于修訂〈增值稅專用發(fā)票使用規(guī)定〉的通知》（國稅發(fā)〔2006〕156號(hào)）第二十八條和第二十九條的規(guī)定處理。

  納稅人丟失增值稅專用發(fā)票各聯(lián)次，具體處理分為已認(rèn)證和未認(rèn)證兩種情形。

  1、發(fā)票開出未認(rèn)證情形處理：

  （1）一般納稅人丟失已開具專用發(fā)票的發(fā)票聯(lián)和抵扣聯(lián)，如果丟失前未認(rèn)證的，購買方憑銷售方提供的相應(yīng)專用發(fā)票記賬聯(lián)復(fù)印件到主管稅務(wù)機(jī)關(guān)進(jìn)行認(rèn)證，認(rèn)證相符的憑該專用發(fā)票記賬聯(lián)復(fù)印件及銷售方所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)出具的《丟失增值稅專用發(fā)票已報(bào)稅證明單》，經(jīng)購買方主管稅務(wù)機(jī)關(guān)審核同意后，可作為增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額的抵扣憑證。    （2）一般納稅人丟失已開具專用發(fā)票的發(fā)票聯(lián)，可將專用發(fā)票抵扣聯(lián)作為記賬憑證，專用發(fā)票抵扣聯(lián)復(fù)印件留存?zhèn)洳椤?br/>
  （3）專用發(fā)票抵扣聯(lián)無法認(rèn)證的，可使用專用發(fā)票發(fā)票聯(lián)到主管稅務(wù)機(jī)關(guān)認(rèn)證。專用發(fā)票發(fā)票聯(lián)復(fù)印件留存?zhèn)洳?br/>
  （4）納稅人丟失記賬聯(lián)的，如果發(fā)票開出后尚未寄出，開票單位可以將發(fā)票聯(lián)復(fù)印，作為記賬憑證；若已寄出，可使用專用發(fā)票發(fā)票聯(lián)復(fù)印件，與從金稅卡中重新打印一次的記賬聯(lián)，作為記賬憑證。到主管稅務(wù)機(jī)關(guān)認(rèn)證作為記賬憑證。    

  （5）納稅人丟失專用發(fā)票全部聯(lián)次處理：納稅人在認(rèn)證前丟失增值稅專用發(fā)票全部聯(lián)次，按丟失空白專用發(fā)票處理。

  2、發(fā)票開出已認(rèn)證情形處理：

  （1）一般納稅人丟失已開具專用發(fā)票的發(fā)票聯(lián)和抵扣聯(lián)，如果丟失前已認(rèn)證相符的，購買方憑銷售方提供的相應(yīng)專用發(fā)票記賬聯(lián)復(fù)印件及銷售方所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)出具的《丟失增值稅專用發(fā)票已報(bào)稅證明單》，經(jīng)購買方主管稅務(wù)機(jī)關(guān)審核同意后，可作為增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額的抵扣憑證。

  （2）一般納稅人丟失已開具專用發(fā)票的抵扣聯(lián)，如果丟失前已認(rèn)證相符的，可使用專用發(fā)票發(fā)票聯(lián)復(fù)印件留存?zhèn)洳椤?br/>
  （3）一般納稅人丟失已開具專用發(fā)票的發(fā)票聯(lián)，可將專用發(fā)票抵扣聯(lián)作為記賬憑證，專用發(fā)票抵扣聯(lián)復(fù)印件留存?zhèn)洳椤?br/>
  （4）一般納稅人丟失記賬聯(lián)的處理：如果發(fā)票開出后尚未寄出，開票單位可以將發(fā)票聯(lián)復(fù)印，作為記賬憑證；若已寄出，可使用專用發(fā)票發(fā)票聯(lián)復(fù)印件，與從金稅卡中重新打印一次的記賬聯(lián)，作為記賬憑證。 到主管稅務(wù)機(jī)關(guān)認(rèn)證作為記賬憑證。

  （5）丟失全聯(lián)次處理：納稅人已認(rèn)證，但丟失發(fā)票的，必須按規(guī)定程序向當(dāng)?shù)刂鞴芏悇?wù)機(jī)關(guān)報(bào)告。并登報(bào)聲明作廢。稅務(wù)機(jī)關(guān)對(duì)丟失發(fā)票的納稅人，可以按《發(fā)票管理辦法》第三十六條“違反發(fā)票管理法規(guī)的行為包括：未按照規(guī)定保管發(fā)票的”情形，由稅務(wù)機(jī)關(guān)責(zé)令限期改正，可以并處1萬元以下的罰款。納稅人從金稅卡中重新打印一次，經(jīng)主管稅務(wù)機(jī)關(guān)審核同意，作為記賬憑證。